Reference

Documentation of the non-GUI code used in SPCal.

• spcal.calc
  • expand_mask()
  • interpolate_3d()
  • is_integer_or_near()
  • mode()
  • otsu()
  • pca()
  • search_sorted_closest()
  • weighted_linreg()
  • weighted_rsq()
  • weights_from_weighting()
• spcal.cluster
  • agglomerative_cluster()
  • cluster_information()
  • prepare_data_for_clustering()
  • prepare_results_for_clustering()
• spcal.datafile
  • SPCalDataFile
    • SPCalDataFile.exclusion_regions
    • SPCalDataFile.dataForExpression()
    • SPCalDataFile.dataForIsotope()
    • SPCalDataFile.event_time
    • SPCalDataFile.isTOF()
    • SPCalDataFile.isotopes
    • SPCalDataFile.masses
    • SPCalDataFile.num_events
    • SPCalDataFile.preferred_isotopes
    • SPCalDataFile.selected_isotopes
    • SPCalDataFile.signals
    • SPCalDataFile.spectra()
    • SPCalDataFile.total_time
  • SPCalNuDataFile
    • SPCalNuDataFile.isotope_table
    • SPCalNuDataFile.dataForIsotope()
    • SPCalNuDataFile.event_time
    • SPCalNuDataFile.generateIsotopeTable()
    • SPCalNuDataFile.isotopes
    • SPCalNuDataFile.load()
    • SPCalNuDataFile.masses
    • SPCalNuDataFile.num_events
    • SPCalNuDataFile.signals
  • SPCalTOFWERKDataFile
    • SPCalTOFWERKDataFile.isotope_table
    • SPCalTOFWERKDataFile.dataForIsotope()
    • SPCalTOFWERKDataFile.event_time
    • SPCalTOFWERKDataFile.isotopes
    • SPCalTOFWERKDataFile.load()
    • SPCalTOFWERKDataFile.masses
    • SPCalTOFWERKDataFile.num_events
    • SPCalTOFWERKDataFile.signals
  • SPCalTextDataFile
    • SPCalTextDataFile.dataForIsotope()
    • SPCalTextDataFile.isTOF()
    • SPCalTextDataFile.isotopes
    • SPCalTextDataFile.load()
    • SPCalTextDataFile.masses
    • SPCalTextDataFile.num_events
    • SPCalTextDataFile.signals
• spcal.detection
  • accumulate_detections()
  • background_mask()
  • combine_regions()
  • detection_maxima()
• spcal.dists
  • spcal.dists.lognormal
    • cdf()
    • pdf()
    • quantile()
  • spcal.dists.normal
    • cdf()
    • erf()
    • erfinv()
    • pdf()
    • quantile()
    • standard_quantile()
  • spcal.dists.poisson
    • cdf()
    • pdf()
    • quantile()
  • spcal.dists.util
    • compound_poisson_lognormal_quantile_approximation()
    • compound_poisson_lognormal_quantile_lookup()
    • extract_compound_poisson_lognormal_parameters()
    • extract_compound_poisson_lognormal_parameters_iterative()
    • sum_iid_lognormals()
    • zero_trunc_quantile()
• spcal.io
  • spcal.io.export
  • spcal.io.nu
    • apply_autoblanking()
    • blanking_regions_from_autob()
    • eventtime_from_info()
    • indicies_from_integ()
    • is_nu_directory()
    • is_nu_run_info_file()
    • masses_from_integ()
    • read_autob_binary()
    • read_binaries_in_index()
    • read_directory()
    • read_integ_binary()
    • select_nu_signals()
    • signals_from_integs()
    • times_from_integs()
  • spcal.io.session
  • spcal.io.text
    • guess_text_parameters()
    • is_text_file()
    • iso_time_to_float_seconds()
    • read_single_particle_file()
    • replace_comma_decimal()
  • spcal.io.tofwerk
    • calibrate_index_to_mass()
    • calibrate_mass_to_index()
    • integrate_tof_data()
    • is_tofwerk_file()
    • read_tofwerk_file()
• spcal.isotope
  • SPCalIsotope
  • SPCalIsotopeBase
  • SPCalIsotopeExpression
• spcal.limit
• spcal.particle
  • atoms_per_particle()
  • cell_concentration()
  • nebulisation_efficiency_from_mass()
  • nebulisation_efficiency_from_mass_concentration()
  • nebulisation_efficiency_from_number_concentration()
  • particle_mass()
  • particle_number_concentration()
  • particle_size()
  • particle_total_concentration()
  • reference_particle_mass()
• spcal.poisson
  • currie()
  • formula_a()
  • formula_c()
  • stapleton_approximation()
• spcal.processing
  • spcal.processing.filter
  • spcal.processing.method
  • spcal.processing.options
  • spcal.processing.result